Shahrukh a écrit : ↑04 décembre 2021, 17:24
Bonjour,
Je ne comprends jamais les QCM sur les posages d'amorces d'oligonucléotides pour les PCR...
L'amorce doit être complémentaire ? ou identique au début de la séquence ? ou à la fin de la séquence que l'on souhaite amplifier ??
Merci d'avance !!
Salut,
D'un point de vue schématique il est très facile de comprendre les mécanismes pour trouver les bonnes amorces pour la PCR.
Pour simplifier la visualisation, le brin sens est en couleur normale, tandis que le brin matrice ou anti-sens apparaîtra en rouge durant toute l'explication. Et les amorces seront colorées en bleu
Dans pratiquement tous les exercices proposés, on vous présente un seul brin d'ADN!!
Mais en réalité il faudrait le visualiser comme un brin d'ADN apparié avec son brin complémentaire du style :
5' ---------- 3' brin sens
3' ---------- 5' brin matrice
1° Introduction de l'ADN dans un milieu avec une température élevée :
Les deux brins sont séparés par dénaturation
Donc on devrait obtenir un truc du type
5' ---------- 3'
3' ---------- 5'
2° Position des amorces
Rappel : les ADN polymérases sont comme les ARN Polymérases, et ne savent synthétiser uniquement dans le sens 5' -> 3'
Dans le cas de figure présenté ci-dessus, on aura toujours 2 amorces possibles pour l'amplification
Une amorce pour
synthétiser le brin sens en s'appariant (se mettant parallèlement) avec le brin matrice :
5' ---------- 3'
5' -- 3' ->>>>>
3' ---------- 5'
Ici l'amorce s'apparie bien avec le brin matrice de manière complémentaire et antiparallèle, donc l'ADN Polymérase peut synthétiser la totalité de la séquence.
Dans le deuxième cas de figure, on utilise le brin sens comme modèle pour poser une autre amorce possible.
5' ---------- 3'
<<<<<- --------
3' -- 5'
3' ---------- 5'
Ici l'amorce est bien positionnée de manière complémentaire au brin sens cette fois-ci et antiparallèle au brin sens. La synthèse d'ADN à partir de cette amorce se fait également de 5' en 3', mais de droite à gauche.
En réalité la droite et la gauche ne veulent rien dire en génétique, c'est juste le sens 5' 3' qui nous permet de nous positionner au sein d'une séquence.
Est-ce plus clair désormais?
Si ce n'est pas assez clair ou tu veux des exemples pour illustrer cette notion, n'hésites pas à laisser un message en bas ^^
Bon courage
