Biologie moléculaire

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le.roi.singe

Biologie moléculaire

Message par le.roi.singe »

Bonjour à tous,

J'aurais plusieurs questions sur la Biomol !

1/ Est ce qu'un intron et une séquence non codantes sont la même chose ?

2/ Si j'ai bien compris, les promoteurs du gène sont des séquences non codantes. Parmi ces séquences se trouvent entre autre la boite TATA et CAAT, c'est ca ?

3/ Il n'y a pas une seule boite TATA et CAAT dans une séquence, c'est bien ca ?

4/ Etes vous d'accord avec mon schéma ?
Sans titre.png
5/ Par contre, ma conception du facteur Cis et Trans régulateur est très flou... quelqu'un peut il m'aider à y voir plus clair s'il vous plait ?

Merchi !
Merci encore de votre attention !
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AdèleU
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Re: Biologie moléculaire

Message par AdèleU »

Coucou!
Alors pour répondre à tes questions...

1/ alors non vraiment pas! Un intron est non codant par définition (puisqu'il n'est pas traduit) mais ATTENTION les exons peuvent être non codant! Par exemple, si le codon ATG (qui initie la traduction) est situé dans l'exon 2, tout l'exon 1 est non codant ! Donc intron et non codant ne sont pas synonymes !!

2/ oui exactement! Les boîtes TATA et CAAT sont des séquences non codantes qui sont situées dans le promoteur!

3/ alors je suis pas sûre de bien comprendre ta question mais en gros tu as une seule boîte CAAT et une seule boîte TATA par gène...

4/ ton schéma me paraît bien. Juste fais attention au fait que les boîtes CAAT et TATA appartiennent bien au promoteur ! Et que 20 nucléotides après la boîte TATA c'est le site d'initiation de la transcription donc le début de l'exon 1.

5/ alors les facteurs cis et trans régulateurs sont des facteurs qui permettent de réguler la transcription (faire en sorte que tout marche bien...). Plus précisément tu vas avoir les facteurs cis-régulateurs qui sont des séquences d'ADN (par exemple le promoteur) et les facteurs trans-régulateurs qui sont des protéines (la plupart du temps) qui vont venir se fixer sur les séquences cis-régulatrices. Par exemple tu as une protéine qu'on appelle le facteur TFIID (donc facteur trans-regulateurs) qui possède un domaine particulier qui lui permet de se lier à la boîte TATA (séquence cis-régulatrice). Ensuite la formation de ce complexe (qu'on appelle le complexe d'initiation de la transcription) va permettre à l'ARN polymérase II de se lier à l'ADN et de commencer la transcription!

Voilà! Si tu as encore des questions et quelque chose que tu ne comprends pas dans ma réponse n'hésite surtout pas à relancer! :D
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Re: Biologie moléculaire

Message par Rulia »

bonsoir :)))

🔨 pour ta 1ère question :

Tu ne peux pas dire que les introns et les séquences non codantes sont des termes équivalents. En effet, les séquences non codantes sont les parties du gène qui ne va pas participer au codage de la séquence d'acides aminés (=non traduite).

Il y a donc effectivement les introns. Mais il y a aussi par exemple les promoteurs mais aussi certaines parties des exos.

En effet, il faut que tu saches que dans l'ARN mature (sans ses introns), il y a un codon (ensemble de 3 nucléotide) d'initiation à la traduction, pas forcément tout au début de la séquence, et un codon stop, pas forcement à la fin de la séquence.

La partie traduite (=condante) est celle située entre le codon d'initiation et le codon stop. Celle non codante est :
- celle en 5' du codon initiateur
- et celle en 3' du codon stop

🔨 pour ta 2e question :

Effectivement c'est tout à fait ça.

🔨 pour ta 3e question :

Dans un gène et donc dans un promoteur, il y a une seule boîte CAAT et une seule boîte TATA en principe. (Il peur y avoir par hasard des nucléotide dans cet ordre là mais ces boîtes là sont à des positions spécifiques par rapport au point d'initiation de la transcription (🔨ton schéma est correct ! Cest top :))))

🔨 pour ta 5e question :

Les facteurs cis régulateurs sont en fait des séquences d'ADN (comme par exemple CAAT et TATA) sur lesquels se fixent les facteurs trans régulateurs (des protéines extérieures comme TFIID se fixent) afin de pouvoir former le complexe d'initiation.

Voilà pour mes explications, j'espère que tout est bien clair pour toi, sinon hésite pas à me reposer des questions, courage pour la suite <333333
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Re: Biologie moléculaire

Message par le.roi.singe »

AdèleU a écrit : 04 septembre 2020, 20:16 4/ ton schéma me paraît bien. Juste fais attention au fait que les boîtes CAAT et TATA appartiennent bien au promoteur ! Et que 20 nucléotides après la boîte TATA c'est le site d'initiation de la transcription donc le début de l'exon 1.
Merciii
Je n'ai pas compris ce que tu as dis ci dessus.
Rulia a écrit : 04 septembre 2020, 20:24 Tu ne peux pas dire que les introns et les séquences non codantes sont des termes équivalents. En effet, les séquences non codantes sont les parties du gène qui ne va pas participer au codage de la séquence d'acides aminés (=non traduite).

Il y a donc effectivement les introns. Mais il y a aussi par exemple les promoteurs mais aussi certaines parties des exos.

En effet, il faut que tu saches que dans l'ARN mature (sans ses introns), il y a un codon (ensemble de 3 nucléotide) d'initiation à la traduction, pas forcément tout au début de la séquence, et un codon stop, pas forcement à la fin de la séquence.

La partie traduite (=condante) est celle située entre le codon d'initiation et le codon stop. Celle non codante est :
- celle en 5' du codon initiateur
- et celle en 3' du codon stop
Donc si j'ai bien compris, un intron est une séquence non codante. Un intron sera par définition supprimé lors de la maturation.
Une séquence non codante n'est pas un intron, comme le codon d'initiation et le codon stop. Ces deux codons ne codent pas, mais ne sont pas supprimés, donc ne sont pas, par définition un intron... C'est ca ?

Mais alors, quelle est la différence entre un codon d'initiation et une coiffe ?
Si j'ai bien compris, la coiffe protège le transit primaire. Le codon d'initiation signale le début du transit primaire. C'est ca ?
AdèleU
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Re: Biologie moléculaire

Message par AdèleU »

Pour compléter ma réponse (Je suis pas sûre de ce que tu as compris ou pas donc je vais tout reexpliquer ...)

Alors en gros tu as le promoteur (séquence non transcrite qui permet de réguler la transcription notamment) qui comprend environ 1000 nucléotides et qui est situé en amont du site d'initiation de la transcription (sur le brin sens).

Dans ce promoteur, tu retrouves des séquences dites cis-régulatrices et notamment deux boîtes présentes sur quasi tous les gènes : la boîte CAAT et la boîte TATA.

Ensuite, le site d'initiation de la transcription c'est là où débute la transcription (grosso modo le 1er nucléotide transcrit) et comme la transcription, ça consomme de l'énergie (2 ATP par nucléotide incorporé, sur tous les gènes ça fait beaucoup...) la cellule va chercher à limiter le plus possible la quantité d'information qu'elle a à transcrire. Du coup, le site d'initiation de la transcription, c'est le début de l'exon 1 (on commence pas à transcrire un intron qui sera éliminé dès l'étape suivante si tu veux...)

Donc si on se place sur le brin sens, tu vas avoir
- le site d'initiation de la transcription
- 20/30 nucléotides en amont, la boîte TATA
- 80 nucléotides en amont du site d'initiation, la boîte CAAT.

(Par rapport à ton schéma je voulais juste être sûre que tu te rends bien compte du fait que 1/ la boîte TATA et la boîte CAAT appartiennent au promoteur et 2/ le site d'initiation de la transcription, c'est le début de l'exon 1 et il arrive après la boîte TATA. En gros, tu n'as pas la boîte CAAT puis la boîte TATA puis le promoteur et après le site d'initiation...)

Voilà j'espère que c'est plus clair! :)
Si tu vois toujours pas, hésite pas !!
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Rulia
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Re: Biologie moléculaire

Message par Rulia »

rebonsoir :)))

Attention tu mélanges beaucoup de choses là donc on va reprendre tout calmement. Fais surtout gaffe aux raccourcis douteux, si le lien n'est pas clairement expliqué dans le cours c'est qu'il n'existe pas.

Pour reprendre donc : un gène (=promoteur + exon 1 + intron 1+ exons 2 +introns 2 + .... + intron n -1 + exon n) comporte des séquences non codantes et des séquences codantes. Une séquence est codante si elle va servir de modèle au ribosome pour former la séquence d'acides aminés (=traduction). Tu as du voir au lycée que lors de la traduction, les ribosomes lisent l'ARNm par groupes de 3 nucléotides (=codons), on y reviendra plus tard.

Ces séquences non codantes sont soit :

>> non transcrites (promoteur)
>> transcrites mais non présentes dans l'ARN mature (introns)
>> transcrites, appartenant à l'ARN mature mais se situant avant (= en 5') le codon initiation de la traduction, ou après (en 3') le codon stop (appartenant donc aux exons).

En effet, la séquence d'ARNm mature, ne comportant plus aucun introns, et comportant une coiffe et une queue, conduit en son sein un codon initiation et un codon stop, qui vont, lorsqu'ils seront lus par le ribosome, lui indiquer que la traduction (=ajout d'acides aminés (AA) en chaîne en lisant l'ARNm) peut commencer. Le codon initiateur code pour un AA, donc on peut dire que c'est une séquence codante de l'ARNm. En revanche le codon stop ne code pour aucun AA, c'est donc une séquence non codante.

Les codons stop et initiation sont contenus dans les exons car ils sont toujours présents après la maturation, ce ne sont donc effectivement pas des introns, ATTENTION aux raccourcis, je n'ai jamais mentionné ce lien dans ma réponse ni dans le cours. Je sais que c'est tentant pour la bioch de comprendre tout dans les moindres détails mais tu vas t'y perdre si tu cherches des liens partout, normalement si il y en a ils te seront toujours clairement explicités, ne te complique pas la vie. J'ai presque envie de te dire tais toi et apprends (mais bon pour ce chapitre en l'occurence ça demande pas mal de réflexion et c'est beaucoup de logique, donc hésite pas :))))

La coiffe et le codon initiateur n'ont rien à voir du tout. La coiffe Met - GTP est un élément ajouté en 5' de tout transcrtit primaire. Tandis que le codon initiateur, chez les eucaryotes, presque exclusivement le triplet AUG, est compris dans le transcrit primaire car est compris dans la séquence du gène.

Voili voilou, j'espère que c'est plus clair :))))
P2 med à p6meilleurefac
RM Bioch 2020-2021
le.roi.singe

Re: Biologie moléculaire

Message par le.roi.singe »

Rulia a écrit : 05 septembre 2020, 00:58 ...
AdèleU a écrit : 04 septembre 2020, 23:15 ...
Merci d'avoir pris le temps de m'écrire.

Pourriez vous me dire s'il vous plait ce que je n'avais pas compris et ce que je mélangeais ?

Merci !
Bonne soirée !
Carotte5D
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Re: Biologie moléculaire

Message par Carotte5D »

Euhhh tu peux préciser ta question? Quels points te dérangent encore? Je crois que les réponses des tutrices sont déjà over détaillées et claires on aura du mal à faire mieux😂😂

Bon courage!
le.roi.singe

Re: Biologie moléculaire

Message par le.roi.singe »

Non non, j'ai déja compris !

Mais les tutrices ont dit que je mélangeais certaines choses dans mon précédent message. Je voulais juste savoir quoi.
Mais sinon, j'ai deja bien compris ! Merci !
Carotte5D
Vieux tuteur
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Enregistré le : 23 mars 2020, 14:08

Re: Biologie moléculaire

Message par Carotte5D »

Je crois qu'il ne serait pas très judicieux de te rappeler ce que tu confondais ça va t embrouiller... base toi sur les explications des tutrices pour reconstruire ta réflexion. Et naturellement, en mettant le cours en vis à vis, tu vas avoir un déclic et dire "mais oui! C'est ça que j'avais pas capté!".

C'est galère pour nous de rentrer dans ta tête pour comprendre précisément quel point te gênait mais tu vas arriver à débloquer ça. Bon courage!
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